Messina è uno dei principali porti della Sicilia, offrendo non solo le brevi e frequenti traversate per Villa San Giovanni, sulla terraferma, ma anche diverse altre rotte. Da Messina, è possibile prendere traghetti e aliscafi per Reggio Calabria attraverso lo Stretto, oltre a servizi stagionali per le Isole Eolie, tra cui Lipari, Vulcano, Salina, Stromboli, Panarea, Alicudi e Filicudi. Queste rotte per le isole sono gestite principalmente da Liberty Lines e Caronte & Tourist e sono disponibili con maggiore frequenza durante i mesi estivi. I tempi di percorrenza variano: ad esempio, un aliscafo per Lipari impiega in genere circa 1 ora e 30 minuti, mentre per Stromboli può impiegare fino a 3 ore a seconda delle fermate. Gli orari e la disponibilità dipendono dalle condizioni meteorologiche e dalla stagione, quindi si consiglia di controllare gli orari aggiornati prima di partire.